خودکشی سعید امامی واقعهی مهم سال ۱۳۷۸ بود که در خاطرات هاشمی بازتاب مشهودی دارد.
خبر خودکشی امامی با داروی نظافت را نخستین بار روزنامهی کیهان منتشر کرد و او را عامل اصلی قتلهای زنجیرهای و عامل بیگانگان معرفی نمود. اما مطابق با خاطرات، این روایت از قتلها را نهتنها افکار عمومی بلکه پرسنل وزارت اطلاعات و هاشمیرفسنجانی نیز باور نکرده بودند.
هاشمی بازگوکنندهی ابهامات نیروهای امنیتی از مرگ سعید امامی و موضوع جاسوس بودن اوست. او آنقدر این ابهام را تکرار کرده که گویی با این نیروها همعقیده است. مثلاً نقل میکند که احمد شفیعی، قائممقام وزیر، به او گفته بود خودکشی سعید امامی باعث «مسألهدار شدن» بسیاری از مدیران اطلاعات شده است. (سیویکم خردادماه)
دو روز بعد هم که هاشمی در جلسهای با حضور رهبری و سران قوا برای استماع گزارش مسئولان اطلاعاتی و قضایی پروندهی قتلها شرکت کرد، روایت میکند که توضیحات این مقامات دربارهی انگیزههای عاملان قتلها و علل خودکشی سعید امامی، «قابل پذیرش» نبوده است. هاشمی در خاطرات خود نوشته است که وقتی بیش از چهارصد کارمند وزارت اطلاعات در مراسم ختم سعید امامی حاضر بودهاند، بدان معناست که یا اتهام واردشده به قاتلان را نپذیرفتهاند یا روش آنها را قبول دارند. (سوم تیرماه)
اگرچه با وقایع پیاپی در نیمهی دوم تیرماه موضوع خودکشی سعید امامی به محاق رفت اما چند ماه بعد، ماجرای سعید امامی حاشیهی جدیدی برای هاشمی درست کرد؛ و آن هم وقتی بود که سیدحسن خمینی از او و محمد خاتمی دربارهی «شایعهی دخالت قاتلان قتلهای اخیر» در مرگ پدرش احمد خمینی پرسش کرد. (هجدهم آذرماه)
درحالیکه گفته میشد نیازی، مسئول رسیدگی به پروندهی قتلها، حسن خمینی را از اعتراف سعید امامی به قتل پدرش مطلع کرده، هاشمی در خاطراتش چنین فرضیهای را دربارهي اعتراف سعید امامی در این خصوص مطرح کرده است: امامی با فرض اینکه اعترافاتش را عالیترین مقامات نظام خواهند خواند، برای اینکه به آنها نشان دهد زیر فشار مجبور به اعترافات دروغین شده، به نقش داشتن در مرگ احمد خمینی اعتراف کرده و به این ترتیب تلاش کرده به مدیران بالادستِ بازجوهایش این پیام را بدهد که زیر فشار است و اعترافاتش بیارزش.
به قلم علی ملیحی در صفحاتی دربارهی کتاب خاطرات روزنوشت اکبر هاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۷۸. اندیشه پویا ۸۰.