در تماس خبرنگار کیهان (مورخ یکشنبه ۲ آذر ۱۳۵۹) با حاج سید احمد خمینی، ایشان به پرسش وی درباره سید محمد خاتمی که دو روز پیش از آن از سوی امام خمینی به سرپرستی روزنامه کیهان منصوب شده بود، پاسخ داد. مشروح سخنان سید احمد خمینی درباره سید محمد خاتمی به این شرح است:

دکتر محمد خاتمی را از خیلی قدیم میشناسم، کمتر کسی را به صفا و پاکی و تعهد او دیدهام. او کسی است که زندگی را مانند بسیاری از روحانیون با سختی شروع کرده است و به حمدالله موفق هم بوده است. مردی است مبارز و متقی. امیدوارم با خصوصیاتی که از آن سراغ دارم به بهترین وجه آنجا را اداره نماید. با گروههایی که کار مبارزاتی حوزه علمیه قم را به دوش میکشیدند همکاری بسیار نزدیک داشت.
تا اندازهای خوشقلم است و من در روحانیون کسی را به خوشنویسی او ندیدم و یا بسیار کم دیدهام، البته در روحانیون. به همین دلیل عمده کار نویسندگی گروههای مبارزی را که سالها در خانههای امن زندگی میکردند به دوش میکشید. البته در ابتدا با یک واسطه و بعد مستقیم مطالبی درباره کودتا در سازمان مجاهدین نوشت و منتشر شد. به عقیده من چیز جالبی بود و انحراف را در حرکت نشان داده بود. خطبههایی از امام حسین با نثر بسیار شیرین ترجمه کرده است با اینکه از [یک واژه ناخوانا] متن فرار نکرده بود شیرین بود. اگر بشود برایتان پیدا میکنم که جایش ضروری است زیرا خطاب امام حسین به علما است و نقشی که آنان میبایست داشته باشند و کارهایی که نمیبایست بکنند.
برادرم محمد خاتمی از نادر کسانی است که با تمام صمیمیتش با من هنوز مرتب و منظم است، خیلی شریف است و متدین.
کارهایی را که حضرت امام بر عهدهاش گذاشتهاند انشاءالله خوب انجام میدهد. از او و همه بهتر پدر عزیز و نازنین اوست، مردی کامل است متقی و پارسا و بیریا و چنان به ریا و حقهبازی تودهنی زده است که جرأت نزدیک شدن به او را پیدا نکنند. یکی از افتخارات من این است که گاهی خدمتشان میرسم و دستشان را میبوسم. افسوس که ناشناخته مانده است. بسیار روشن است و باز فکر میکند درست مثل مرحوم آیتالله طالقانی از نظر فکری در میان روحانیون حضرت آیتالله آقای حاج آقا روحالله خاتمی در ایران نظیر ندارد. باید دست و آستانش را بوسید و متبرک شد. نوکری او را کردن مطمئنا آدم را راهی بهشت مینماید.
برادر عزیزم آقای دکتر سید محمد خاتمی از نظر علمی بسیار خوب و با معلومات است از قدیم و جدید میداند، موفقیت و خوشبختیاش را آرزومندم
سید احمد خمینی