اختلافات میان ارتش و سپاه در طول جنگ یک روند سینوسی داشته است گاهی به نقطه اوج میرسید و گاهی نیز تنش بسیار کاهش می یافت.
در تابستان ۶۳ شکافی که از رمضان به وجود آمده بود و در خیبر خود را نشان داد، بسیار عمیق شد. این اختلافات در راهبرد جنگ و تعیین منطقه عملیات بود.
جرقه شروع اختلافات ۶۳ از ارائه طرح عملیات والفجر 7 توسط ارتش بود. با تشکیل قرارگاه مرکزی خاتمالانبیا در زمستان ۶۲ تلاش شد با ایجاد وحدت فرماندهی این اختلافات کاهش پیدا کند اما ریشه اختلافات بسیار عمیق تر از چیزی بود که تصور میشد و تلاش های قرارگاه در سال ۶۳ به نتیجه ای نرسید. هاشمی رفسنجانی که در سال ۶۳ فرمانده جنگ بوده در خاطرات خود چند موضوع مهم را بیان میکند:
" دوشنبه ۸ مرداد ۶۳ : جلسه ای با آقایان صیاد و رضایی داشتیم. صیاد از طرح اروند (والفجر ۷) دفاع کرد، ولی آقای رضایی مخالف بود. پس از مقداری بحث معلوم شد که ایشان به طور کلی با عملیات در جنوب مخالف است و از روز اول هم مخالف بوده اند. به ایشان اعتراض شد که چرا چند ماه وقت مملکت و این همه نیرو را تلف کرده و با صراحت برخورد نکرده اند. جواب درستی نداشت و طرح درستی برای عملیات در جای دیگر هم نداشت. آقای خامنه ای پیشنهاد کردند که فرماندهی عملیات جنوب به آقای صیاد واگذار شود. من هم پذیرفتم و قرار شد با امام در میان بگذاریم. محسن رضایی ناراحت و جلسه ختم شد. بعید است با فرض مخالفت فرماندهان سپاه، عملیات وسیعی را بشود سامان داد، ولی باید مشکل را حل کرد. "
" شنبه ۱۳ مرداد ۶۳ : ساعت نُه صبح احمد آقا آمد. گفت: «محسن رضایی فرمانده سپاه به امام نامه نوشته و وضع جبهه ها و عملیات را توضیح داده و از فشاری که برای انجام عملیات وارد میآید، گله کرده و گفته به ما اگر مهلت بدهید دو ساله جنگ را با پیروزی تمام میکنیم.»
عصر آقای محسن رضایی و آقای شمخانی آمدند و درباره عملیات آینده بحث کردیم. تلاش داشتند که بقبولانند به زودی در جنوب کاری نمیشود کرد."
نکته قابل تامل در این بحث ها این است که خروجی تصور اینکه اگر مهلت بدهید دو ساله جنگ را با پیروزی تمام میکنیم این شد که در سال ۶۵ عملا تمام جبهه ها به بن بست رسید و تمام تلاش ها برای رسیدن به پایان جنگ با پیروزی به شکست انجامید و جنگ با تلخی ها و شکست پایان یافت.
همچنین جالبتر آن است تنها ۱۷ ماه بعد اینکه گفته شد در جنوب نمیشود کاری کرد عملیات والفجر کلید خورد و در ادامه کربلای ۴ و ۵ انجام شد که بیشترین تمرکز نیرو را در جبهه جنوب وارد آورد.
نتیجه بحث های تابستان ۶۳ منتهی به اجرای یک عملیات در اسفند همان سال شد عملیاتی به دنباله خیبر که بدر نامیده شد و نتیجه آن شکست شد